Schweden steht kurz vor einer Parlamentswahl, als die rechtspopulistische Politikerin Annika Nilsson ermordet wird. Ihre Kinder Simon und Sofia gehen unterschiedlich mit dem Verlust um: Sofia ist davon überzeugt, dass Immigranten ihre Mutter getötet haben. Auf ihrer Jagd nach einem Sündenbock stößt sie auf die rechtsextreme Bewegung „Veritas“, die Angriffe auf die schwedische Gesellschaft startet. Wenn alles nach Plan verläuft, werden ihre Aktivitäten in einer spektakulären Sprengung der Stockholmer Börse kulminieren.

Währenddessen merkt Elin Hammar, Stabschefin im Justizministerium, dass in ihrer Abteilung etwas nicht stimmt: Wichtige Dokumente sind unauffindbar, und ihre Vorgängerin ist unter mysteriösen Umständen verschwunden. Je tiefer sie gräbt, desto mehr Spuren führen in die gleiche Richtung: Nach Uddevalla, in die Stadt, in der Annika Nilsson gelebt hat…

„Blaue Augen“ ist eine Momentaufnahme der gegenwärtigen politischen und gesellschaftlichen Entwicklung Schwedens.