A.D. 2089 80 Jahre sind seit dem Krieg mit den Zentraedi vergangen und es herrscht Frieden. Die SDF-1 Macross ist zu einem Raumschiff Museum geworden und die Zentraedi wurden in die Gesellschaft der Menschen eingeführt. Doch es droht neuer Ärger, in dem Förderationsbereich Terra sind außerirdische Truppen eingefallen und die sind nicht gerade freundlich. Sofort schickt man Valkyries los, um die Gegner aufzuhalten und die alte Taktik mit den Musik Liedern von Lynn Minmay wird erneut benutzt, um die Gegner zu verwirren. Doch die Marduk, so nennen sich die Angreifer, kontern ihrerseits mit einem Lied, das die Aggressivität fördert.

Ein Reporter, Hibeki, wird ins All geschickt, um den Kampf zu Filmen, aber er landet aus versehen auf einem Schiff der Marduk. Dort sieht er ein hübsches Mädchen, Ishtar, das ohnmächtig ist und er nimmt sie mit, es stellt sich heraus, dass sie eine Emulatorin ist, so heißen die Sängerinnen der Marduk und sie ist auch noch ihre beste.