Die drei eigenwilligen Nonnen Sister Margarita (Ann Dowd), Sister Iphigenia (Essie Davis) und Sister Carla (Jessica Barden) haben sich – obwohl zwischen ihnen altersmäßig jeweils eine ganze Generation befindet – auf einer abgelegenen Insel in einer alten Kirche niedergelassen und einen kleinen unabhängigen Orden gegründet.

Ihr Leben wird jäh gestört, als Father Ignatius (Sam Reid) auf der Insel und bei der Kirche auftaucht. Der ist überrascht, dass die eigentlich stillgelegte Anlage noch bewohnt wird und ordnet gegenüber den Ordensfrauen die Räumung der Kirche an, was für diese auch das Ende ihrer Bewegung bedeuten würde. Die Lage eskaliert, als die Nonnen sich weigern und den Geistlichen festsetzen …