»Parasite Dolls« spielt im Tokio des Jahres 2034, in denen die Menschen Seite an Seite mit Androiden leben, sogenannten »Boomern« - Androiden in Menschengestalt für einen bestimmten Arbeitszweck erschaffen. »Boomer« greifen in die Welt der Menschen so stark ein, dass sie für manche Menschen zu regelrechten Feindbildern werden. Es breitet sich eine Stimmung aus nach der Art: man möchte nicht mit ihnen leben, aber ohne sie auch nicht (mehr). Die »Boomer«-Kriminalität hat in den letzten Jahren solch enorme Ausmaße angenommen, dass die Anti-Terroreinheit »A.D. Police« eine Sondereinheit ins Leben rufen musste - die sogenannte »Branch«.

»Parasite Dolls« zeigt in 3 OVAs drei Geschehnisse, mit der sich »Branch« herumschlagen muss und zeichnet eine düstere Zukunftsvision zw. der Bewahrung der menschlichen Natur und der immer mehr technisierten Welt und des Machtmissbrauchs.