Die Welt wird regiert vom mächtigen Anführer der Roboter, Braiking Boss, nachdem die Menschheit von Robotern besiegt wurde. Jene beten ein mysteriöses Mädchen namens Luna an, die die Menschheit von der Geisel der Roboter befreien soll. Dies ruft Braiking auf den Plan, drei seiner fähigsten Cyborgs auszusenden, die Gefahr im Keim zu ersticken. Casshern, einem der drei Cyborgs, gelingt es Luna auszuschalten, was die fortschreitende Vernichtung der gesamten Welt auslöst.

Jahrzehnte später, während die Menschheit kurz vor ihrer völligen Vernichtung steht, erscheint Casshern erneut. Jedoch erinnert er sich weder an die damaligen Vorfälle, noch weiß er, wer er ist. Auf der Suche nach seiner wahren Identität kämpft er sich durch eine trostlose Welt, die sich gegen ihn verschworen hat.