In der nahen Zukunft hat das Heilige Britannische Reich Japan überfallen und dank überlegener Technik im Handstreich erobert. Das besetzte Japan existiert fortan nur noch unter dem Namen "Area 11".

Der junge Britannier Lelouch wird in den Freiheitskampf der Japaner verwickelt. Er erbeutet ein "Knightmare Frame", einen britannischen Kampfroboter, rettet eine mysteriöse Frau aus der Gefangenschaft und erhält von ihr eine mystische und tödliche Fähigkeit, das Geass. Als maskierter Freiheitskämpfer Zero wird er zu einem Symbol der Rebellion ...