Die Studentin Sydney Bristow wird vom SD6 angeworben, einer Spezialabteilung der CIA. Bald muss sie jedoch herausfinden, dass sie keineswegs für die Regierung arbeitet, im Gegenteil. SD6 gehört ganz klar zu den Bösen und zögerte auch nicht, Sydneys Verlobten töten zu lassen, als sie diesem von ihrer Tätigkeit berichtete.

Als Sydney zur richtigen CIA geht, um dort ihr Wissen zu teilen, erfährt sie, dass schon längst gegen SD6 ermittelt wird. Als sie wissen will, warum die SD6 noch nicht zerschlagen wurde, erfährt sie, dass sie nur einer Zelle angehört und die eigentliche Organisation sehr viel größer und einflussreicher ist, als sie ahnte.

Sydney erklärt sich einverstanden, für die CIA als Doppelagentin bei SD6 zu bleiben. Bei ihren Ermittlungen stößt sie auf zahlreiche Überraschungen, die zu einem großen Teil auch ihre eigene Vergangenheit betreffen.