Die beiden Brüder Edward und Alphonse Elric haben ein verbotenes Alchemie-Experiment gewagt. Sie haben versucht, ihre vor Kurzem verstorbene Mutter wieder zum Leben zu erwecken, was aber schiefgegangen ist. Stattdessen hat Edward ein Bein verloren und Alphonses Körper löst sich auf. Um die Seele seines Bruders zu retten, opfert ihm Edward einen Arm und bindet ihn an eine massive Rüstung – ganz im Sinne des alchemischen Gesetzes des Äquivalentenaustausches.

Einige Jahre später machen sich die Brüder nun auf die Suche nach dem Stein der Weisen. Denn dieser verleiht angeblich die Fähigkeit, das Gesetz zu umgehen und so Alchemie ohne Kompromisse zu betreiben. Was sie noch nicht ahnen: sie geraten damit in eine wachsende Verschwörung, die das Schicksal der Welt bedrohen könnte.