Die Welt von Granblue Fantasy ist von Krieg gezeichnet. Die vielen, in den Wolken schwebenden Inseln, sind Zeugen des einstigen Kampfes zwischen uralten mächtigen Wesen, den Astralen und den Bewohnern des Himmels, den Sky'Dwellers. Nachdem die Astralen besiegt und ihre Macht in Kristallen versiegelt wurde, beginnt ein Zeitalter des Friedens.

Das soll jedoch nicht lange anhalten als das Erste Empire nach eben jenen Artefakten sucht um die Welt zu unterdrücken. Hier beginnt unser Held sein Abenteuer, auf dem er auch einem mysteriösen Mädchen begegnet, deren Auftauchen das Erwachen uralter Mächte hervorruft.