Als der sympathische Muteki in die freie und fröhliche Hafenstadt Neo San Francisco umzieht, begegnet er dort DJ, einem selbsternannten DJ. Dieser verwandelt ihn in den tanzenden Helden Muteking. Als plötzlich Monster auftauchen, denen sich Muteki mit DJ zusammen entgegenstellen muss, entwickelt sich im Hintergrund eine noch größere Gefahr für die Menschheit.